Elisa Bonaparte byla pátým dítětem Carla Bonaparta a Laetitie Bonapartové, rozené Ramolinové. Při křtu dostala jméno Maria Anna, ale později se přejmenovala na Elisu (jako víceméně všichni její sourozenci - příkladem šel bratr Lucciano, který se přejmenoval na Luciena). Elisa byla vzdělávána v klášterní škole v Saint Cyr, kterou založila počátkem 18. století madame de Maintenon. Elisa byla inteligentní ženou, která měla vlastní názor a do jisté míry i vlastní ambice.

1. května 1797 se z vůle matky vdala za korsického šlechtice Felixe Pasquala Baciocchiho (1762 - 1841), který neoplýval ani rozumem, ani majetkem, ani politickými ambicemi. Pocházel z drobné korsické šlechty, sloužil v armádě a byl hudebně nadaný - hrál na housle. Po roce 1815 mohla žít v Terstu jako hraběnka z Compignana. Později obývala vilu Vicentinu severně od Terstu. Věnovala se i archeologickým vykopávkám v okolí Terstu. Zemřela náhle na neznámou chorobu ve věku 43 let. Byla pohřbena v bazilice Sv. Petronas v Boloni. Jejím milencem byl kromě jiných i slavný houslový virtuos a skladatel Niccolò Paganini. Milostná aféra kněžny Elisy a houslisty Paganiniho se stala námětem populární operety s názvem Paganini od Franze Lehár (poprvé uvedena 30. října 1925 ve Vídni)