Narodila se 9. dubna 1966 v New Yorku herečce Anne Knoll a novináři Walteru Nixonovi. Je absolventkou Hunter College High Scholl v New Yorku.

V letech 1988 až 2003 chodila s fotografem Dannym Mozesem. Mají spolu dvě děti, dceru narozenou v roce 1996 syna narozeného v roce 2002. V roce 2004 Cynthia začala chodit s aktivistkou Christine Marinoni. Cynthia se s Marinoni zasnoubila v dubnu 2009. Marinoni porodila jejich syna v roce 2011. Vzali se v New Yorku 27. května 2012.

Pokud jde o její sexuální orientaci, tak se vyjádřila, že jí vůbec nepřijde divné, že je zamilovaná do ženy. Sama se však spíše označuje jako bisexuálka.

V říjnu 2006 jí během běžné lékařské prohlídky byla diagnostikována rakovina prsu. Cynthia se rozhodla tuto zprávu tajit, aby to neudělalo příliš velký rozruch. V roce 2008 během rozhovoru v pořadu Good Morning America prohlásila, že se jí boj s rakovinou prsu podařil vyhrát. Od té doby se hlásí k aktivistům proti rakovině prsu.