Iben Hjejle se narodila v kodaňské čtvrti Søborg. Zde vyrostla jako dcera učitele základní školy Christiana Hjejle a učitelky střední školy Annelise Kirsten. Když jí bylo deset, její rodiče se rozvedli a její otec se přestěhoval. Iben žila s matkou. Jako teenagerka navštěvovala Det fie Gymnasium. Hjejle studovala herectví, které úspěšně zakončila v roce 1996. Od té doby získává role v různých národních a mezinárodních filmových a televizních produkcích.

V mezinárodním měřítku se stala známou zejména pro hlavní ženskou roli v High Fidelity. V roce 2010 si zahrála v televizní reklamě rakouské Erste Bank, od roku 2011, se vyskytuje především v hlavních rolích dánských filmů a seriálů.