Je absolventem Fakulty sociálních věd Univerzity Karlovy a katedry dokumentární tvorby na pražské FAMU. Úspěch zaznamenal už jeho režijní debut Mistři (2004). Film, na jehož scénáři spolupracoval s Benjaminem Tučkem a Robertem Geislerem, získal tři České lvy a množství jiných cen.

Také další film ze společné dílny Najbrt – Geisler – Tuček Protektor (2009) má na svém kontě úspěchy. V období 2010 - 2011 se Marek Najbrt kromě práce na Polském filmu scenáristicky i režijně (17 dílů) podílel na úspěšném pětačtyřicetidílném seriálu z produkce HBO Terapie (2011).